18S Monterey Bay Time Series: an eDNA data set from Monterey Bay, California, including years 2006, 2013 - 2016

Registro biológico Observación
Última versión publicado por NOAA Integrated Ocean Observing System el jul. 10, 2025 NOAA Integrated Ocean Observing System
Fecha de publicación:
10 de julio de 2025
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

These data are from marine filtered seawater samples collected at a nearshore station in Monterey Bay, CA. They have undergone metabarcoding for the 18S V9 region. A selection of samples from this plate were included in the publication "Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community" (Djurhuus et al., 2020). Samples were collected by CTD rosette and filtered by a peristaltic pump system.Illumina MiSeq metabarcoding data was processed in the following steps: (1) primer sequences were removed through atropos (Didion et al., 2017), (2) reads were denoised, ASV sequences inferred, paired reads merged and chimeras removed through Dada2 (Callahan et al., 2016), (3) taxonomic ranks were assigned through blastn searches to NCBI GenBank's non-redundant nucleotide database (nt) with hits filtered by lowest common ancestor algorithm within MEGAN6 (Huson et al., 2016). Furthermore, post-MEGAN6 filtering was performed to ensure only contigs with a hit of ≥97% sequence identity were annotated to the species level and only contigs with a hit of ≥95% sequence identity were annotated to the genus level. Annotations were elevated to the next highest taxonomic level for contigs that failed these conditions.Data are presented in two comma-separated values files: occurrence.csv, and DNADerivedData.csv. The former contains the taxonomic identification of each ASV observed and its number of reads, in addition to relevant metadata including the location the water sample was taken, references for the identification procedure, and links to archived sequences. The latter contains the DNA sequence of each ASV observed, in addition to relevant metadata including primer information and links to detailed field and laboratory methods. This data set was transformed from its native format into a table structure using Darwin Core and DNA Derived Data Extension term names as column names.References:Djurhuus, A, Closek, CJ, Kelly, RP et al. (2020). Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community. Nat Commun 11, 254. https://doi.org/10.1038/s41467-019-14105-1Didion JP, Martin M, Collins FS. (2017) Atropos: specific, sensitive, and speedy trimming of sequencing reads. PeerJ 5:e3720 https://doi.org/10.7717/peerj.3720Callahan, B., McMurdie, P., Rosen, M. et al. (2016) DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 13, 581–583 . https://doi.org/10.1038/nmeth.3869Huson DH, Beier S, Flade I, Górska A, El-Hadidi M, Mitra S, Ruscheweyh HJ, Tappu R. (2016) MEGAN community edition-interactive exploration and analysis of large-scale microbiome sequencing data. PLoS computational biology. Jun 21;12(6):e1004957.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 64.903 registros.

también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Occurrence (core)
64903
dnaDerivedData 
64903

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es NOAA Integrated Ocean Observing System. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: e0b59ee7-19ae-4eb0-9217-33317fb50d47.  NOAA Integrated Ocean Observing System publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF-US.

Palabras clave

Occurrence; Observation

Contactos

Francisco Chavez
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Senior Scientist
Monterey Bay Aquarium Research Institute
Kathleen Pitz
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Research Associate
Monterey Bay Aquarium Research Institute
Diana LaScala-Gruenewald
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Punto De Contacto
  • Data Scientist
CeNCOOS/MBARI
Abigail Benson
  • Publicador
  • Biologist
U.S. Geological Survey
Mathew Biddle
  • Distribuidor
  • Physical Scientist
United States Marine Biodiversity Observation Network (US MBON)
  • 1315 East-West Highway
20910 Silver Spring
MD
US
  • 3017134928

Metadatos adicionales

marine, harvested by OBIS

Identificadores alternativos e0b59ee7-19ae-4eb0-9217-33317fb50d47
https://obis.org/dataset/62b97724-da17-4ca7-9b26-b2a22aeaab51
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=18s_monterey_bay_time_series_edna