18S Monterey Bay Time Series: an eDNA data set from Monterey Bay, California, including years 2006, 2013 - 2016

Событие Наблюдение
Последняя версия опубликовано NOAA Integrated Ocean Observing System июл. 10, 2025 NOAA Integrated Ocean Observing System
Дата публикации:
10 июля 2025 г.
Опубликовано:
NOAA Integrated Ocean Observing System
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 64 903 Записи в English (2 MB) - Частота обновления: неизвестно
Метаданные в формате EML Скачать в English (11 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (8 KB)

Описание

These data are from marine filtered seawater samples collected at a nearshore station in Monterey Bay, CA. They have undergone metabarcoding for the 18S V9 region. A selection of samples from this plate were included in the publication "Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community" (Djurhuus et al., 2020). Samples were collected by CTD rosette and filtered by a peristaltic pump system.Illumina MiSeq metabarcoding data was processed in the following steps: (1) primer sequences were removed through atropos (Didion et al., 2017), (2) reads were denoised, ASV sequences inferred, paired reads merged and chimeras removed through Dada2 (Callahan et al., 2016), (3) taxonomic ranks were assigned through blastn searches to NCBI GenBank's non-redundant nucleotide database (nt) with hits filtered by lowest common ancestor algorithm within MEGAN6 (Huson et al., 2016). Furthermore, post-MEGAN6 filtering was performed to ensure only contigs with a hit of ≥97% sequence identity were annotated to the species level and only contigs with a hit of ≥95% sequence identity were annotated to the genus level. Annotations were elevated to the next highest taxonomic level for contigs that failed these conditions.Data are presented in two comma-separated values files: occurrence.csv, and DNADerivedData.csv. The former contains the taxonomic identification of each ASV observed and its number of reads, in addition to relevant metadata including the location the water sample was taken, references for the identification procedure, and links to archived sequences. The latter contains the DNA sequence of each ASV observed, in addition to relevant metadata including primer information and links to detailed field and laboratory methods. This data set was transformed from its native format into a table structure using Darwin Core and DNA Derived Data Extension term names as column names.References:Djurhuus, A, Closek, CJ, Kelly, RP et al. (2020). Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community. Nat Commun 11, 254. https://doi.org/10.1038/s41467-019-14105-1Didion JP, Martin M, Collins FS. (2017) Atropos: specific, sensitive, and speedy trimming of sequencing reads. PeerJ 5:e3720 https://doi.org/10.7717/peerj.3720Callahan, B., McMurdie, P., Rosen, M. et al. (2016) DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 13, 581–583 . https://doi.org/10.1038/nmeth.3869Huson DH, Beier S, Flade I, Górska A, El-Hadidi M, Mitra S, Ruscheweyh HJ, Tappu R. (2016) MEGAN community edition-interactive exploration and analysis of large-scale microbiome sequencing data. PLoS computational biology. Jun 21;12(6):e1004957.

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 64 903 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Occurrence (core)
64903
dnaDerivedData 
64903

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является NOAA Integrated Ocean Observing System. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: e0b59ee7-19ae-4eb0-9217-33317fb50d47.  NOAA Integrated Ocean Observing System отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF-US.

Ключевые слова

Occurrence; Observation

Контакты

Francisco Chavez
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Senior Scientist
Monterey Bay Aquarium Research Institute
Kathleen Pitz
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Research Associate
Monterey Bay Aquarium Research Institute
Diana LaScala-Gruenewald
  • Metadata Provider ●
  • Point Of Contact
  • Data Scientist
CeNCOOS/MBARI
Abigail Benson
  • Publisher
  • Biologist
U.S. Geological Survey
Mathew Biddle
  • Distributor
  • Physical Scientist
United States Marine Biodiversity Observation Network (US MBON)
  • 1315 East-West Highway
20910 Silver Spring
MD
US
  • 3017134928

Дополнительные метаданные

marine, harvested by OBIS

Альтернативные идентификаторы e0b59ee7-19ae-4eb0-9217-33317fb50d47
https://obis.org/dataset/62b97724-da17-4ca7-9b26-b2a22aeaab51
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=18s_monterey_bay_time_series_edna