NOAA Ocean Exploration seawater eDNA metabarcoding (EX2301)

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 135 440 enregistrements.

2 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Coclet C, Thompson L, Miller N, Marranzino A, Green J, Kline L, Collins A, Auscavitch S (2026). NOAA Ocean Exploration seawater eDNA metabarcoding (EX2301). Version 1.4. NOAA Ocean Exploration. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-oer-okeanos-ex2301&v=1.4

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est NOAA Ocean Exploration. En vertu de la loi, léditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 9806a672-b859-4175-8432-f805b5ce8f30.  NOAA Ocean Exploration publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF-US.

Mots-clé

marine biome; marine epipelagic zone; marine mesopelagic zone; marine bathypelagic zone; seawater; Pacific Ocean; 18S rRNA (SSU eukaryote); 12S rRNA (SSU mitochondria); COI (cytochrome oxidase I); eDNA; metabarcoding; marine biodiversity; environmental DNA; Occurrence

Contacts

Couverture géographique

Northeast Pacific (U.S. West Coast continental margin, northern California to Washington, ~40–48°N, ~125–126°W)

Couverture taxonomique

Marine organisms identified through eDNA metabarcoding

Couverture temporelle

Données sur le projet

The mission of NOAA Ocean Exploration is to explore the ocean for national benefit, including discovery and characterization of deep-sea environments and biodiversity. This project provides preliminary environmental DNA metabarcoding data from plankton, metazoa, cnidaria, and fish collected aboard NOAA Ship Okeanos Explorer, operated by NOAA Ocean Exploration. Sample archiving and management, wet lab processing, and sequencing was conducted by the Smithsonian National Museum of Natural History and the NOAA National Systematics Laboratory. DNA sequence analysis was performed by the NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory.

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes déchantillonnage

Seawater samples were collected aboard NOAA Ship Okeanos Explorer during ROV dives and CTD casts. Water was drawn from Niskin bottles mounted on either the Deep Discoverer ROV or a CTD rosette. Standard collection volumes were 1.7 L for water samples and 2.0 L for distilled water blanks. Samples were filtered through 0.45 um or 0.22 um membrane filters. Sample and environmental metadata - including dive or CTD cast ID, date, time, location, in-situ measurements (salinity, temperature, dissolved oxygen), and estimated bottom depth - were recorded electronically and transferred to the Sample Operator User Portal (SOUP). Laboratory procedures followed documented protocols (https://github.com/aomlomics/protocols). DNA was extracted from filters and amplified by PCR targeting three metabarcoding markers: 18S rRNA (protists/eukaryotes), COI (metazoa), and 12S rRNA (fish). Sequencing was performed on the Illumina NextSeq platform at the NOAA National Systematics Laboratory. Bioinformatic processing was performed on the Northern Gulf Institute's Orion computing cluster using the Tourmaline 2 pipeline. Steps included adapter trimming and quality filtering (Cutadapt), denoising and representative sequence determination (DADA2), and taxonomic assignment using a naive Bayes classifier and consensus VSEARCH (QIIME 2). Raw sequence data in FASTQ format were submitted to the NCBI Sequence Read Archive (SRA). FAIRe-formatted sample metadata were submitted to NCBI BioSample. Taxonomic occurrence data were formatted for submission to OBIS.

Description des étapes de la méthode:

1. DNA was extracted from seawater filters, amplified by PCR for 18S, COI, and 12S metabarcoding markers, sequenced on Illumina, and analyzed with the Tourmaline 2 pipeline. Field sampling design and detailed procedures are described under sampling; bioinformatic QC and filtering are described under quality control.

Métadonnées additionnelles