Описание
These data are amplicon sequence variant (ASV) counts of marine fish derived from environmental DNA (eDNA) sampling targeting the 12S rDNA, V5 region. DNA was extracted from filtered water samples taken off coastal New Jersey during the 2019 New Jersey Ocean Trawl Survey. Sampling corresponded to the New Jersey Ocean Trawl Survey efforts, but trawl data are not included here. The data were originally published as supplementary tables in support of Stoeckle et al. (https://doi.org/10.1093/icesjms/fsaa225). Observations from supplementary tables 8A - 8D were subsequently aligned to Darwin Core.
Записи данных
Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 6 868 записей.
Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.
Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.
Версии
В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.
Как оформить ссылку
Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:
Stoeckle M, Adolf J, Charlop-Powers Z, Dunton K J, Hinks G, VanMorter S M, Formel S K (2023). eDNA observations, concurrent with trawl survey, of marine fish in coastal New Jersey, USA 2019. Version 1.4. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=rockefeller_njtrawl_edna_assessment&v=1.4
Права
Исследователи должны соблюдать следующие права:
Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является United States Geological Survey. Насколько это возможно по закону, издатель отказался от всех прав на эти данные и посвятил их Public Domain (CC0 1.0). Пользователи могут без ограничений копировать, изменять, распространять и использовать работу, в том числе в коммерческих целях.
Регистрация в GBIF
Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 46488f96-b51e-4c06-9a02-8c4c900f7f78. United States Geological Survey отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF-US.
Ключевые слова
FISH (UUID: ea855d4c-f132-44f9-b31c-447e1101684d); TRAWL (UUID: c386fdd8-5a49-46c6-9be6-b56a9428f30d); NERITIC ZONE (UUID: eb958dfb-5e38-401f-8b42-5f1273c75a4a); ATLANTIC OCEAN (UUID: cf249a36-2e82-4d32-84cd-23a4f40bb393); NEW JERSEY (UUID: 699b0e5a-6dbd-47aa-b0ca-c4502f044e35); marine biome (ENVO:00000447); coastal water (ENVO:00001250); waterborne particulate matter (ENVO:01000436); marine biota (ENVO: 06105013); Environmental DNA (NCIT:C169196); Fish (NCIT:C14207); Occurrence
Контакты
- Metadata Provider ●
- Author ●
- Originator ●
- Point Of Contact
https://orcid.org/0000-0002-8280-4795
- Author ●
- Originator
- Author ●
- Originator ●
- Point Of Contact
- Author ●
- Originator
- Metadata Provider ●
- Processor
Географический охват
New Jersey Bureau of Marine Fisheries Ocean Trawl Survey (NJ OTS) sites. The neritic zone ocean from New York Harbor south to Delaware Bay, from shoreline out to 30m depth contour.
| Ограничивающие координаты | Юг Запад [38,658, -74,969], Север Восток [40,468, -73,862] |
|---|
Таксономический охват
Marine Fish
| Class | Teleostei, Elasmobranchii, Chondrostei, Petromyzonti |
|---|
Временной охват
| Дата начала / Дата окончания | 2019-01-11 / 2019-11-10 |
|---|
Данные проекта
Описание отсутсвует
| Название | Monmouth University—Rockefeller University Marine Science Policy Initiative |
|---|
Исполнители проекта:
Методы сбора
Samples were taken in the neritic zone ocean from New York Harbor south to Delaware Bay, from shoreline out to 30 m depth contour. Prior to tows, a 1.2-l stainless steel, polypropylene-lined Kemmerer water sampler was deployed at surface and bottom, and collected water was transferred to 1-l polypropylene bottles. Once filled, collection bottle was placed inside a plastic bag and into a dedicated cooler kept in a protected cabin location. Samples were maintained on ice and transported to a −20°C freezer within 24 h of collection. Collection bottles were thawed for 24–48 h at 4°C and contents poured into a glass filter manifold attached to wall suction and filtered through a 0.45-μM pore size nitrocellulose filter (Millipore). DNA was extracted with PowerSoil kit (Qiagen) with modifications from the manufacturer’s protocol as previously described.
| Охват исследования | Sampling of eDNA from filtered seawater taken off the New Jersey coast in 2019 to compare eDNA results to traditional trawl results. Samples were taken for about one-fourth of the trawls conducted by the New Jersey Bureau of Marine Fisheries Ocean Trawl Survey (NJ OTS) during 2019. NJ OTS field sampling was conducted during ∼1-week periods in January, June, August, and November 2019. The target for each month was ten paired samples (one surface and one bottom sample per selected tow site) distributed across strata by depth and north-south location. |
|---|---|
| Контроль качества | As negative controls for each monthly set, 1 l of laboratory tap water was filtered using the same equipment and procedures, and on the same day as for field samples. |
Описание этапа методики:
- For more detail see Stoeckle et al., 2020 (https://doi.org/10.1093/icesjms/fsaa225), Stoeckle et al., 2018 (https://doi.org/10.1371/journal.pone.0198717) and Stoeckle et al., 2020 (https://doi.org/10.3389/fmars.2020.00226).
Библиографические ссылки
- Mark Y Stoeckle, Jason Adolf, Zachary Charlop-Powers, Keith J Dunton, Gregory Hinks, Stacy M VanMorter, Trawl and eDNA assessment of marine fish diversity, seasonality, and relative abundance in coastal New Jersey, USA , ICES Journal of Marine Science, Volume 78, Issue 1, January-February 2021, Pages 293–304, https://doi.org/10.1093/icesjms/fsaa225 https://doi.org/10.1093/icesjms/fsaa225
- Stoeckle M. Y. , Das Mishu M. , Charlop-Powers Z. 2020. Improved environmental DNA reference library identifies overlooked marine fishes in coastal New Jersey, U.S.A. Frontiers in Marine Science, 7: 226 https://doi.org/10.3389/fmars.2020.00226
- Stoeckle, M. Y., Ausubel, J. H., & Coogan, M. (2022). 12S gene metabarcoding with DNA standard quantifies marine bony fish environmental DNA, identifies threshold for reproducible detection, and overcomes distortion due to amplification of non-fish DNA. Environmental DNA, 00, 1– 11. https://doi.org/10.1002/edn3.376 https://doi.org/10.1002/edn3.376
Дополнительные метаданные
| Цель | Evaluate performance of eDNA for monitoring marine fish populations by comparing bottom trawl catches to eDNA from concurrent water samples. |
|---|---|
| Альтернативные идентификаторы | https://www.sciencebase.gov/catalog/item/640a18afd34e0e602b90ff45 |
| 46488f96-b51e-4c06-9a02-8c4c900f7f78 | |
| https://obis.org/dataset/fe2ed263-2b21-47d7-a79f-f9b911132398 | |
| https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=rockefeller_njtrawl_edna_assessment |