Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON)

Registros biológicos
Última versión publicado por United States Geological Survey el nov. 18, 2023 United States Geological Survey
Fecha de publicación:
18 de noviembre de 2023
Licencia:
CC0 1.0

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Descripción

This data consists of counts of putative zooplankton OTUs, revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) gene extracted from filtered water samples in the Florida Keys National Marine Sanctuary during 2016. It includes results from 95 water samples taken over three days at three coral reef sites. After data processing, a total of 194 taxa were identified; the identification was to the species level, with only a few to the genus level.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 3.123 registros.

también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Occurrence (core)
3123
dnaDerivedData 
3123

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Djurhuus A, Peralta A C, Pitz K, Sawaya N A, Rojas-Marquez J, Michaud B, Montes E, Muller-Karger F, Breitbart M (2023). Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). Version 1.3. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna&v=1.3

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es United States Geological Survey. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6.  United States Geological Survey publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF-US.

Palabras clave

Occurrence; zooplankton; DNA sequencing; molecular taxonomy; biodiversity; ocean environment; Occurrence; Observation

Contactos

Anni Djurhuus
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Ana Carolina Peralta
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Kathleen Pitz
  • Originador
  • Researcher
Monterey Bay Aquatic Research Institute
California
US
Natalie A. Sawaya
  • Originador
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Jaimie Rojas-Marquez
  • Originador
  • Researcher
Fundacion La Salle de Ciencias Naturales, Estacion de Investigaciones Marinas
Margarita
VE
Brianna Michaud
  • Originador
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Enrique Montes
  • Originador
  • NOAA Affiliated Researcher
Cooperative Institute for Marine & Atmospheric Studies (CIMAS)
US
Frank Muller-Karger
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Project Principal Investigator
College of Marine Science, University of South Florida
US
Mya Breitbart
  • Originador
  • Professor and researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Stephen Formel
  • Verificador
  • Biologist
U.S. Geological Survey
Mathew Biddle
  • Distribuidor
  • Physical Scientist
United States Marine Biodiversity Observation Network (US MBON)
  • 1315 East-West Highway
20910 Silver Spring
MD
US
  • 3017134928

Cobertura geográfica

Florida Keys: Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [24,286, -81,654], Latitud Máxima Longitud Máxima [25,352, -80,228]

Cobertura taxonómica

Zooplankton, including 194 taxa within 37 Classes.

Class Coccolithophyceae, Copepoda, Teleostei, Ascidiacea, Hydrozoa, Sagittoidea, Malacostraca, Gastropoda, Mamiellophyceae, Eurotiomycetes, Chlorarachnea, Bacillariophyceae, Polychaeta, Ostracoda, Palaeonemertea, Anthozoa, Cephalopoda, Pilidiophora, Demospongiae, Ophiuroidea, Thecostraca, Florideophyceae, Cyanophyceae, Holothuroidea, Pyramimonadophyceae, Hexapoda, Homoscleromorpha, Bivalvia, Elasmobranchii, Gymnolaemata, Asteroidea, Dinophyceae, Cryptophyta incertae sedis, Raphidophyce, Echinoidea, Aves, Nuda

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2016-03-15 / 2016-05-16

Datos del proyecto

A close partnership with NOAA AOML and the FKNMS has focused on periodic MBON surveys of the Florida Keys since 2014. Additional partners now add animal tracking and other dimensions to the Sanctuaries MBON. Specifically, we seek to integrate ground and satellite observations related to biodiversity to inform ecosystem-based management in and around the Florida Keys National Marine Sanctuary (FKNMS). This includes supporting the regional NOAA Integrated Ecosystem Assessment (IEA), the National Marine Fisheries Southeast Fisheries Science Center, the FKNMS, Rookery Bay National Estuarine Research Reserve (NERR), and the State of Florida Fish and Wildlife Commission (FWC) as specific end users of an MBON.

Título South Florida Program (NOAA – AOML) and Marine Biodiversity Observation Network (MBON)
Fuentes de Financiación This work is a contribution to the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). The MBON project was supported by NASA grant NNX14AP62A ‘National Marine Sanctuaries as Sentinel Sites for a Demonstration Marine Biodiversity Observation Network (MBON)’ funded under the National Ocean Partnership Programme (NOPP RFP NOAA-NOS-IOOS-2014-2003803 in partnership between NOAA, BOEM and NASA), and the U.S. Integrated Ocean Observing System (IOOS) Programme Office.

Personas asociadas al proyecto:

Frank Muller-Karger
  • Investigador Principal

Métodos de muestreo

This data represents zooplankton taxonomic composition revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) genes. Water samples were collected from three coral reef sites in the Florida Keys National Marine Sanctuary. 1 L surface seawater samples prefiltered through 3 um filters and subsequently collected on 0.22 um filters for eDNA (PF-eDNA). The COI gene metabarcoding of PF-eDNA samples was performed using Illumina MiSeq.

Área de Estudio Sampling area: Florida Keys - Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. https://aslopubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/lom3.10237

Metadatos adicionales

Propósito

MBON cruises have the purpose of collection biological data for biodiversity assessments. Water samples were used to determine dominant copepod survey using eDNA, demonstrating that eDNA metabarcoding is a promising technique for future biodiversity assessments of pelagic zooplankton in marine systems.

Identificadores alternativos 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna