Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON)

Occurrence
Последняя версия опубликовано United States Geological Survey нояб. 18, 2023 United States Geological Survey
Дата публикации:
18 ноября 2023 г.
Опубликовано:
United States Geological Survey
Лицензия:
CC0 1.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 3 123 Записи в English (140 KB) - Частота обновления: по мере необходимости
Метаданные в формате EML Скачать в English (32 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (12 KB)

Описание

This data consists of counts of putative zooplankton OTUs, revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) gene extracted from filtered water samples in the Florida Keys National Marine Sanctuary during 2016. It includes results from 95 water samples taken over three days at three coral reef sites. After data processing, a total of 194 taxa were identified; the identification was to the species level, with only a few to the genus level.

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 3 123 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Occurrence (core)
3123
dnaDerivedData 
3123

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Djurhuus A, Peralta A C, Pitz K, Sawaya N A, Rojas-Marquez J, Michaud B, Montes E, Muller-Karger F, Breitbart M (2023). Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). Version 1.3. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna&v=1.3

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является United States Geological Survey. Насколько это возможно по закону, издатель отказался от всех прав на эти данные и посвятил их Public Domain (CC0 1.0). Пользователи могут без ограничений копировать, изменять, распространять и использовать работу, в том числе в коммерческих целях.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6.  United States Geological Survey отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF-US.

Ключевые слова

Occurrence; zooplankton; DNA sequencing; molecular taxonomy; biodiversity; ocean environment; Occurrence; Observation

Контакты

Anni Djurhuus
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Ana Carolina Peralta
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Kathleen Pitz
  • Originator
  • Researcher
Monterey Bay Aquatic Research Institute
California
US
Natalie A. Sawaya
  • Originator
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Jaimie Rojas-Marquez
  • Originator
  • Researcher
Fundacion La Salle de Ciencias Naturales, Estacion de Investigaciones Marinas
Margarita
VE
Brianna Michaud
  • Originator
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Enrique Montes
  • Originator
  • NOAA Affiliated Researcher
Cooperative Institute for Marine & Atmospheric Studies (CIMAS)
US
Frank Muller-Karger
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Project Principal Investigator
College of Marine Science, University of South Florida
US
Mya Breitbart
  • Originator
  • Professor and researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Stephen Formel
  • Reviewer
  • Biologist
U.S. Geological Survey
Mathew Biddle
  • Distributor
  • Physical Scientist
United States Marine Biodiversity Observation Network (US MBON)
  • 1315 East-West Highway
20910 Silver Spring
MD
US
  • 3017134928

Географический охват

Florida Keys: Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo

Ограничивающие координаты Юг Запад [24,286, -81,654], Север Восток [25,352, -80,228]

Таксономический охват

Zooplankton, including 194 taxa within 37 Classes.

Class Coccolithophyceae, Copepoda, Teleostei, Ascidiacea, Hydrozoa, Sagittoidea, Malacostraca, Gastropoda, Mamiellophyceae, Eurotiomycetes, Chlorarachnea, Bacillariophyceae, Polychaeta, Ostracoda, Palaeonemertea, Anthozoa, Cephalopoda, Pilidiophora, Demospongiae, Ophiuroidea, Thecostraca, Florideophyceae, Cyanophyceae, Holothuroidea, Pyramimonadophyceae, Hexapoda, Homoscleromorpha, Bivalvia, Elasmobranchii, Gymnolaemata, Asteroidea, Dinophyceae, Cryptophyta incertae sedis, Raphidophyce, Echinoidea, Aves, Nuda

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2016-03-15 / 2016-05-16

Данные проекта

A close partnership with NOAA AOML and the FKNMS has focused on periodic MBON surveys of the Florida Keys since 2014. Additional partners now add animal tracking and other dimensions to the Sanctuaries MBON. Specifically, we seek to integrate ground and satellite observations related to biodiversity to inform ecosystem-based management in and around the Florida Keys National Marine Sanctuary (FKNMS). This includes supporting the regional NOAA Integrated Ecosystem Assessment (IEA), the National Marine Fisheries Southeast Fisheries Science Center, the FKNMS, Rookery Bay National Estuarine Research Reserve (NERR), and the State of Florida Fish and Wildlife Commission (FWC) as specific end users of an MBON.

Название South Florida Program (NOAA – AOML) and Marine Biodiversity Observation Network (MBON)
Финансирование This work is a contribution to the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). The MBON project was supported by NASA grant NNX14AP62A ‘National Marine Sanctuaries as Sentinel Sites for a Demonstration Marine Biodiversity Observation Network (MBON)’ funded under the National Ocean Partnership Programme (NOPP RFP NOAA-NOS-IOOS-2014-2003803 in partnership between NOAA, BOEM and NASA), and the U.S. Integrated Ocean Observing System (IOOS) Programme Office.

Исполнители проекта:

Frank Muller-Karger
  • Principal Investigator

Методы сбора

This data represents zooplankton taxonomic composition revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) genes. Water samples were collected from three coral reef sites in the Florida Keys National Marine Sanctuary. 1 L surface seawater samples prefiltered through 3 um filters and subsequently collected on 0.22 um filters for eDNA (PF-eDNA). The COI gene metabarcoding of PF-eDNA samples was performed using Illumina MiSeq.

Охват исследования Sampling area: Florida Keys - Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo.

Описание этапа методики:

  1. https://aslopubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/lom3.10237

Дополнительные метаданные

Цель

MBON cruises have the purpose of collection biological data for biodiversity assessments. Water samples were used to determine dominant copepod survey using eDNA, demonstrating that eDNA metabarcoding is a promising technique for future biodiversity assessments of pelagic zooplankton in marine systems.

Альтернативные идентификаторы 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna