Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON)

Occurrence
Dernière version Publié par United States Geological Survey le nov. 18, 2023 United States Geological Survey
Date de publication:
18 novembre 2023
Licence:
CC0 1.0

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Description

This data consists of counts of putative zooplankton OTUs, revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) gene extracted from filtered water samples in the Florida Keys National Marine Sanctuary during 2016. It includes results from 95 water samples taken over three days at three coral reef sites. After data processing, a total of 194 taxa were identified; the identification was to the species level, with only a few to the genus level.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 3 123 enregistrements.

1 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
3123
dnaDerivedData 
3123

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Djurhuus A, Peralta A C, Pitz K, Sawaya N A, Rojas-Marquez J, Michaud B, Montes E, Muller-Karger F, Breitbart M (2023). Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). Version 1.3. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna&v=1.3

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est United States Geological Survey. En vertu de la loi, l'éditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6.  United States Geological Survey publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF-US.

Mots-clé

Occurrence; zooplankton; DNA sequencing; molecular taxonomy; biodiversity; ocean environment; Occurrence; Observation

Contacts

Anni Djurhuus
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Ana Carolina Peralta
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Kathleen Pitz
  • Créateur
  • Researcher
Monterey Bay Aquatic Research Institute
California
US
Natalie A. Sawaya
  • Créateur
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Jaimie Rojas-Marquez
  • Créateur
  • Researcher
Fundacion La Salle de Ciencias Naturales, Estacion de Investigaciones Marinas
Margarita
VE
Brianna Michaud
  • Créateur
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Enrique Montes
  • Créateur
  • NOAA Affiliated Researcher
Cooperative Institute for Marine & Atmospheric Studies (CIMAS)
US
Frank Muller-Karger
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • Project Principal Investigator
College of Marine Science, University of South Florida
US
Mya Breitbart
  • Créateur
  • Professor and researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Stephen Formel
  • Vérificateur
  • Biologist
U.S. Geological Survey
Mathew Biddle
  • Distributeur
  • Physical Scientist
United States Marine Biodiversity Observation Network (US MBON)
  • 1315 East-West Highway
20910 Silver Spring
MD
US
  • 3017134928

Couverture géographique

Florida Keys: Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo

Enveloppe géographique Sud Ouest [24,286, -81,654], Nord Est [25,352, -80,228]

Couverture taxonomique

Zooplankton, including 194 taxa within 37 Classes.

Class Coccolithophyceae, Copepoda, Teleostei, Ascidiacea, Hydrozoa, Sagittoidea, Malacostraca, Gastropoda, Mamiellophyceae, Eurotiomycetes, Chlorarachnea, Bacillariophyceae, Polychaeta, Ostracoda, Palaeonemertea, Anthozoa, Cephalopoda, Pilidiophora, Demospongiae, Ophiuroidea, Thecostraca, Florideophyceae, Cyanophyceae, Holothuroidea, Pyramimonadophyceae, Hexapoda, Homoscleromorpha, Bivalvia, Elasmobranchii, Gymnolaemata, Asteroidea, Dinophyceae, Cryptophyta incertae sedis, Raphidophyce, Echinoidea, Aves, Nuda

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2016-03-15 / 2016-05-16

Données sur le projet

A close partnership with NOAA AOML and the FKNMS has focused on periodic MBON surveys of the Florida Keys since 2014. Additional partners now add animal tracking and other dimensions to the Sanctuaries MBON. Specifically, we seek to integrate ground and satellite observations related to biodiversity to inform ecosystem-based management in and around the Florida Keys National Marine Sanctuary (FKNMS). This includes supporting the regional NOAA Integrated Ecosystem Assessment (IEA), the National Marine Fisheries Southeast Fisheries Science Center, the FKNMS, Rookery Bay National Estuarine Research Reserve (NERR), and the State of Florida Fish and Wildlife Commission (FWC) as specific end users of an MBON.

Titre South Florida Program (NOAA – AOML) and Marine Biodiversity Observation Network (MBON)
Financement This work is a contribution to the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). The MBON project was supported by NASA grant NNX14AP62A ‘National Marine Sanctuaries as Sentinel Sites for a Demonstration Marine Biodiversity Observation Network (MBON)’ funded under the National Ocean Partnership Programme (NOPP RFP NOAA-NOS-IOOS-2014-2003803 in partnership between NOAA, BOEM and NASA), and the U.S. Integrated Ocean Observing System (IOOS) Programme Office.

Les personnes impliquées dans le projet:

Frank Muller-Karger
  • Chercheur Principal

Méthodes d'échantillonnage

This data represents zooplankton taxonomic composition revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) genes. Water samples were collected from three coral reef sites in the Florida Keys National Marine Sanctuary. 1 L surface seawater samples prefiltered through 3 um filters and subsequently collected on 0.22 um filters for eDNA (PF-eDNA). The COI gene metabarcoding of PF-eDNA samples was performed using Illumina MiSeq.

Etendue de l'étude Sampling area: Florida Keys - Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo.

Description des étapes de la méthode:

  1. https://aslopubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/lom3.10237

Métadonnées additionnelles

Objet

MBON cruises have the purpose of collection biological data for biodiversity assessments. Water samples were used to determine dominant copepod survey using eDNA, demonstrating that eDNA metabarcoding is a promising technique for future biodiversity assessments of pelagic zooplankton in marine systems.

Identifiants alternatifs 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna