Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON)

オカレンス（観察データと標本)
最新バージョン United States Geological Survey により出版 11月 18, 2023 United States Geological Survey
公開日:
2023年11月18日
ライセンス:
CC0 1.0

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説明

This data consists of counts of putative zooplankton OTUs, revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) gene extracted from filtered water samples in the Florida Keys National Marine Sanctuary during 2016. It includes results from 95 water samples taken over three days at three coral reef sites. After data processing, a total of 194 taxa were identified; the identification was to the species level, with only a few to the genus level.

データ レコード

この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、3,123 レコードが含まれています。

拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

Occurrence (コア)
3123
dnaDerivedData 
3123

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Djurhuus A, Peralta A C, Pitz K, Sawaya N A, Rojas-Marquez J, Michaud B, Montes E, Muller-Karger F, Breitbart M (2023). Marine zooplankton community structure through environmental DNA metabarcoding in the Florida Keys, collected by the South Florida Program (NOAA/AOML) and the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). Version 1.3. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna&v=1.3

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は United States Geological Survey。 To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6が割り当てられています。   GBIF-US によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているUnited States Geological Survey が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; zooplankton; DNA sequencing; molecular taxonomy; biodiversity; ocean environment; Occurrence; Observation

連絡先

Anni Djurhuus
  • メタデータ提供者 ●
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Ana Carolina Peralta
  • メタデータ提供者 ●
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
  • postdoctoral researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Kathleen Pitz
  • 最初のデータ採集者
  • Researcher
Monterey Bay Aquatic Research Institute
California
US
Natalie A. Sawaya
  • 最初のデータ採集者
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Jaimie Rojas-Marquez
  • 最初のデータ採集者
  • Researcher
Fundacion La Salle de Ciencias Naturales, Estacion de Investigaciones Marinas
Margarita
VE
Brianna Michaud
  • 最初のデータ採集者
  • Researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Enrique Montes
  • 最初のデータ採集者
  • NOAA Affiliated Researcher
Cooperative Institute for Marine & Atmospheric Studies (CIMAS)
US
Frank Muller-Karger
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
  • Project Principal Investigator
College of Marine Science, University of South Florida
US
Mya Breitbart
  • 最初のデータ採集者
  • Professor and researcher
College of Marine Science, University of South Florida
US
Stephen Formel
  • レビューア
  • Biologist
U.S. Geological Survey
Mathew Biddle
  • データ配布者
  • Physical Scientist
United States Marine Biodiversity Observation Network (US MBON)
  • 1315 East-West Highway
20910 Silver Spring
MD
US
  • 3017134928

地理的範囲

Florida Keys: Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo

座標（緯度経度） 南 西 [24.286, -81.654], 北 東 [25.352, -80.228]

生物分類学的範囲

Zooplankton, including 194 taxa within 37 Classes.

Class Coccolithophyceae, Copepoda, Teleostei, Ascidiacea, Hydrozoa, Sagittoidea, Malacostraca, Gastropoda, Mamiellophyceae, Eurotiomycetes, Chlorarachnea, Bacillariophyceae, Polychaeta, Ostracoda, Palaeonemertea, Anthozoa, Cephalopoda, Pilidiophora, Demospongiae, Ophiuroidea, Thecostraca, Florideophyceae, Cyanophyceae, Holothuroidea, Pyramimonadophyceae, Hexapoda, Homoscleromorpha, Bivalvia, Elasmobranchii, Gymnolaemata, Asteroidea, Dinophyceae, Cryptophyta incertae sedis, Raphidophyce, Echinoidea, Aves, Nuda

時間的範囲

開始日 / 終了日 2016-03-15 / 2016-05-16

プロジェクトデータ

A close partnership with NOAA AOML and the FKNMS has focused on periodic MBON surveys of the Florida Keys since 2014. Additional partners now add animal tracking and other dimensions to the Sanctuaries MBON. Specifically, we seek to integrate ground and satellite observations related to biodiversity to inform ecosystem-based management in and around the Florida Keys National Marine Sanctuary (FKNMS). This includes supporting the regional NOAA Integrated Ecosystem Assessment (IEA), the National Marine Fisheries Southeast Fisheries Science Center, the FKNMS, Rookery Bay National Estuarine Research Reserve (NERR), and the State of Florida Fish and Wildlife Commission (FWC) as specific end users of an MBON.

タイトル South Florida Program (NOAA – AOML) and Marine Biodiversity Observation Network (MBON)
ファンデイング This work is a contribution to the Marine Biodiversity Observation Network (MBON). The MBON project was supported by NASA grant NNX14AP62A ‘National Marine Sanctuaries as Sentinel Sites for a Demonstration Marine Biodiversity Observation Network (MBON)’ funded under the National Ocean Partnership Programme (NOPP RFP NOAA-NOS-IOOS-2014-2003803 in partnership between NOAA, BOEM and NASA), and the U.S. Integrated Ocean Observing System (IOOS) Programme Office.

プロジェクトに携わる要員:

Frank Muller-Karger
  • 研究代表者

収集方法

This data represents zooplankton taxonomic composition revealed through metabarcoding of the cytochrome oxidase I (COI) genes. Water samples were collected from three coral reef sites in the Florida Keys National Marine Sanctuary. 1 L surface seawater samples prefiltered through 3 um filters and subsequently collected on 0.22 um filters for eDNA (PF-eDNA). The COI gene metabarcoding of PF-eDNA samples was performed using Illumina MiSeq.

Study Extent Sampling area: Florida Keys - Molasses Reef, Looe Key, and Western Sambo.

Method step description:

  1. https://aslopubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/lom3.10237

追加のメタデータ

目的

MBON cruises have the purpose of collection biological data for biodiversity assessments. Water samples were used to determine dominant copepod survey using eDNA, demonstrating that eDNA metabarcoding is a promising technique for future biodiversity assessments of pelagic zooplankton in marine systems.

代替識別子 9d6c78cc-74c6-4a12-b65b-0c9254ddb0b6
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=mbonfknmsedna