eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4)

Registro biológico Observación
Última versión publicado por United States Geological Survey el mar. 12, 2024 United States Geological Survey
Fecha de publicación:
12 de marzo de 2024
Licencia:
CC0 1.0

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Descripción

Seawater was collected on board the NOAA ship Ronald H. Brown as part of the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) cruise from September 13 to October 21, 2021. Sampling for GOMECC-4 occurred along 16 coastal-offshore transects across the entire Gulf of Mexico and an additional line at 27N latitude in the Atlantic Ocean. We also collected eDNA samples near Padre Island National Seashore (U.S. National Parks Service), a barrier island located off the coast of south Texas. Vertical CTD sampling was employed at each site to measure discrete chemical, physical, and biological properties. Water sampling for DNA filtration was conducted at 54 out of 141 total sites and three depths per site (surface, deep chlorophyll maximum, and near bottom) to capture horizontal and vertical gradients of bacterial, protistan, and metazoan diversity across the Gulf.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 311.390 registros.

también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Occurrence (core)
311390
dnaDerivedData 
311390

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Silliman K, Anderson S, Thompson L (2024). eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4). Version 1.7. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-aoml-gomecc4&v=1.7

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es United States Geological Survey. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 9012def0-bd87-48a0-ac9e-e0e78dd37689.  United States Geological Survey publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF-US.

Palabras clave

Occurrence; Observation; ATLANTIC OCEAN (UUID: cf249a36-2e82-4d32-84cd-23a4f40bb393); GULF OF MEXICO (UUID: 75fab119-51a6-4b59-9711-f6c3cd3139db); Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory; OAR; NOAA; U.S. Department of Commerce (UUID: 274cc3ed-e075-4fb3-89cd-51fa72bc64f9)

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

Github Code Repo https://github.com/aomlomics/gomecc Unknown R and Python code
NCBI BioProject https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA887898/ Unknown FASTQ

Contactos

Katherine Silliman
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Autor ●
  • Originador
  • Research Scientist
NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)
  • 4301 Rickenbacker Cswy
33149 Miami
Florida
US
Sean Anderson
  • Autor ●
  • Originador
  • Postdoctoral Research Associate
University of New Hampshire
Luke Thompson
  • Autor ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Associate Research Professor
NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)
  • 4301 Rickenbacker Cswy
33149 Miami
Florida
US
Steve Formel
  • Procesador
  • Biologist
U.S. Geological Survey

Cobertura geográfica

Gulf of Mexico and south Atlantic Ocean

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [18,836, -97,639], Latitud Máxima Longitud Máxima [30,111, -79,618]

Cobertura taxonómica

18S and 16S sequences assigned to Bacteria, Archaea, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, and Fungi.

Reino Bacteria, Archaeae, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, Fungi

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2021-09-14 / 2021-10-20

Datos del proyecto

The effort was in support of the coastal monitoring and research objectives of NOAA’S Ocean Acidification Program. The cruise was designed to obtain a snapshot of key carbon, physical, and biogeochemical parameters as they relate to ocean acidification (OA) in the coastal realm. This was the fourth occupation of the Gulf of Mexico as part of the Ocean Acidification Program’s monitoring efforts, with the first three occurring in 2007, 2012 and 2017.

Título Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle
Identificador GOMECC
Fuentes de Financiación NOAA/OAR Ocean Acidification Program Grant 21392, "Assessing ecosystem responses of Gulf of Mexico communities to OA using environmental DNA (or: Understanding biodiversity in the Gulf of Mexico using eDNA) http://dx.doi.org/10.13039/100018228
Descripción del área de estudio This report describes the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC4) cruise on board the R/V Ronald H. Brown departing from Key West, FL into the Gulf of Mexico and then around the coastal waters of the Gulf of Mexico in a counter-clockwise direction. The cruise took place from September 13–October 21, 2021
Descripción del diseño The cruise included a series of 15 transects approximately orthogonal to the coast of the Gulf of Mexico and a 16th partial transect along the 27°N line, between Florida and the Bahamas, as well as a comprehensive set of underway measurements along the entire cruise track. In addition to these transects, three more stations were sampled as part of a collaboration with the National Parks Service to monitor ocean acidification at national parks. Four parks participated in this effort: Padre Island (in Texas), Dry Tortugas, Everglades, and Biscayne (these three in Florida).

Personas asociadas al proyecto:

Luke Thompson
  • Investigador Principal

Métodos de muestreo

For more information see the cruise report: https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Área de Estudio For more information see the cruise report: https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Detailed methods will be published in forthcoming paper. This field will be updated after publication.

Referencias bibliográficas

  1. Barbero, Leticia et al. "Cruise report: Fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) Cruise", 2021 https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Metadatos adicionales

Propósito

Implement eDNA sampling to better understand the impact of ocean acidification on marine life (bacteria to fish), develop models to predict indicator species and their responses to future climate scenarios, and inform ecosystem management strategies.
Identificadores alternativos 9012def0-bd87-48a0-ac9e-e0e78dd37689
https://doi.org/10.15468/sm6fpz
https://obis.org/dataset/210efc7c-4762-47ee-b4b5-22a0f436ef44
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-aoml-gomecc4