eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4)

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説明

Seawater was collected on board the NOAA ship Ronald H. Brown as part of the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) cruise from September 13 to October 21, 2021. Sampling for GOMECC-4 occurred along 16 coastal-offshore transects across the entire Gulf of Mexico and an additional line at 27N latitude in the Atlantic Ocean. We also collected eDNA samples near Padre Island National Seashore (U.S. National Parks Service), a barrier island located off the coast of south Texas. Vertical CTD sampling was employed at each site to measure discrete chemical, physical, and biological properties. Water sampling for DNA filtration was conducted at 54 out of 141 total sites and three depths per site (surface, deep chlorophyll maximum, and near bottom) to capture horizontal and vertical gradients of bacterial, protistan, and metazoan diversity across the Gulf.

データレコード

このオカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータテーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィンコアアーカイブ (DwC-A) として公開されています。コアデータテーブルには、311,390 レコードが含まれています。

拡張データテーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。各拡張データテーブル内のレコード数を以下に示します。

311390

この IPT はデータをアーカイブし、データリポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、ダウンロードセクションからダウンロードできます。バージョンテーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Silliman K, Anderson S, Thompson L (2024). eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4). Version 1.7. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-aoml-gomecc4&v=1.7

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は United States Geological Survey。 To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 9012def0-bd87-48a0-ac9e-e0e78dd37689が割り当てられています。 GBIF-US によって承認されたデータパブリッシャーとして GBIF に登録されているUnited States Geological Survey が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; Observation; ATLANTIC OCEAN (UUID: cf249a36-2e82-4d32-84cd-23a4f40bb393); GULF OF MEXICO (UUID: 75fab119-51a6-4b59-9711-f6c3cd3139db); Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory; OAR; NOAA; U.S. Department of Commerce (UUID: 274cc3ed-e075-4fb3-89cd-51fa72bc64f9)

外部データ

リソースデータは他の形式で入手可能です。

Github Code Repo	https://github.com/aomlomics/gomecc Unknown R and Python code
NCBI BioProject	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA887898/ Unknown FASTQ

連絡先

Katherine Silliman

メタデータ提供者 ●
論文著者 ●
最初のデータ採集者

Research Scientist

NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)

4301 Rickenbacker Cswy

33149 Miami

Florida

katherine.silliman@noaa.gov

https://www.aoml.noaa.gov/omics

https://orcid.org/0000-0001-5964-3965

Sean Anderson

論文著者 ●
最初のデータ採集者

Postdoctoral Research Associate

University of New Hampshire

Sean.Anderson1@unh.edu

https://colsa.unh.edu/person/sean-anderson

https://orcid.org/0000-0003-3096-1120

Luke Thompson

論文著者 ●
最初のデータ採集者 ●
連絡先

Associate Research Professor

NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)

4301 Rickenbacker Cswy

33149 Miami

Florida

luke.thompson@noaa.gov

https://www.aoml.noaa.gov/omics

https://orcid.org/0000-0002-3911-1280

Steve Formel

データ処理者

Biologist

U.S. Geological Survey

sformel@usgs.gov

https://orcid.org/0000-0001-7418-1244

地理的範囲

Gulf of Mexico and south Atlantic Ocean

座標（緯度経度）	南西 [18.836, -97.639], 北東 [30.111, -79.618]

生物分類学的範囲

18S and 16S sequences assigned to Bacteria, Archaea, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, and Fungi.

Kingdom	Bacteria, Archaeae, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, Fungi

時間的範囲

開始日 / 終了日	2021-09-14 / 2021-10-20

プロジェクトデータ

The effort was in support of the coastal monitoring and research objectives of NOAA’S Ocean Acidification Program. The cruise was designed to obtain a snapshot of key carbon, physical, and biogeochemical parameters as they relate to ocean acidification (OA) in the coastal realm. This was the fourth occupation of the Gulf of Mexico as part of the Ocean Acidification Program’s monitoring efforts, with the first three occurring in 2007, 2012 and 2017.

タイトル	Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle
識別子	GOMECC
ファンデイング	NOAA/OAR Ocean Acidification Program Grant 21392, "Assessing ecosystem responses of Gulf of Mexico communities to OA using environmental DNA (or: Understanding biodiversity in the Gulf of Mexico using eDNA) http://dx.doi.org/10.13039/100018228
Study Area Description	This report describes the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC4) cruise on board the R/V Ronald H. Brown departing from Key West, FL into the Gulf of Mexico and then around the coastal waters of the Gulf of Mexico in a counter-clockwise direction. The cruise took place from September 13–October 21, 2021
研究の意図、目的、背景など（デザイン）	The cruise included a series of 15 transects approximately orthogonal to the coast of the Gulf of Mexico and a 16th partial transect along the 27°N line, between Florida and the Bahamas, as well as a comprehensive set of underway measurements along the entire cruise track. In addition to these transects, three more stations were sampled as part of a collaboration with the National Parks Service to monitor ocean acidification at national parks. Four parks participated in this effort: Padre Island (in Texas), Dry Tortugas, Everglades, and Biscayne (these three in Florida).

プロジェクトに携わる要員: