eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4)

Событие Наблюдение
Последняя версия опубликовано United States Geological Survey мар. 12, 2024 United States Geological Survey
Дата публикации:
12 марта 2024 г.
Опубликовано:
United States Geological Survey
Лицензия:
CC0 1.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 311 390 Записи в English (45 MB) - Частота обновления: по мере необходимости
Метаданные в формате EML Скачать в English (23 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (12 KB)

Описание

Seawater was collected on board the NOAA ship Ronald H. Brown as part of the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) cruise from September 13 to October 21, 2021. Sampling for GOMECC-4 occurred along 16 coastal-offshore transects across the entire Gulf of Mexico and an additional line at 27N latitude in the Atlantic Ocean. We also collected eDNA samples near Padre Island National Seashore (U.S. National Parks Service), a barrier island located off the coast of south Texas. Vertical CTD sampling was employed at each site to measure discrete chemical, physical, and biological properties. Water sampling for DNA filtration was conducted at 54 out of 141 total sites and three depths per site (surface, deep chlorophyll maximum, and near bottom) to capture horizontal and vertical gradients of bacterial, protistan, and metazoan diversity across the Gulf.

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 311 390 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Occurrence (core)
311390
dnaDerivedData 
311390

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Silliman K, Anderson S, Thompson L (2024). eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4). Version 1.7. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-aoml-gomecc4&v=1.7

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является United States Geological Survey. Насколько это возможно по закону, издатель отказался от всех прав на эти данные и посвятил их Public Domain (CC0 1.0). Пользователи могут без ограничений копировать, изменять, распространять и использовать работу, в том числе в коммерческих целях.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 9012def0-bd87-48a0-ac9e-e0e78dd37689.  United States Geological Survey отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF-US.

Ключевые слова

Occurrence; Observation; ATLANTIC OCEAN (UUID: cf249a36-2e82-4d32-84cd-23a4f40bb393); GULF OF MEXICO (UUID: 75fab119-51a6-4b59-9711-f6c3cd3139db); Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory; OAR; NOAA; U.S. Department of Commerce (UUID: 274cc3ed-e075-4fb3-89cd-51fa72bc64f9)

Внешние данные

Ресурс также доступен в других форматах

Github Code Repo https://github.com/aomlomics/gomecc Unknown R and Python code
NCBI BioProject https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA887898/ Unknown FASTQ

Контакты

Katherine Silliman
  • Metadata Provider ●
  • Author ●
  • Originator
  • Research Scientist
NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)
  • 4301 Rickenbacker Cswy
33149 Miami
Florida
US
Sean Anderson
  • Author ●
  • Originator
  • Postdoctoral Research Associate
University of New Hampshire
Luke Thompson
  • Author ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact
  • Associate Research Professor
NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)
  • 4301 Rickenbacker Cswy
33149 Miami
Florida
US
Steve Formel
  • Processor
  • Biologist
U.S. Geological Survey

Географический охват

Gulf of Mexico and south Atlantic Ocean

Ограничивающие координаты Юг Запад [18,836, -97,639], Север Восток [30,111, -79,618]

Таксономический охват

18S and 16S sequences assigned to Bacteria, Archaea, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, and Fungi.

Kingdom Bacteria, Archaeae, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, Fungi

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2021-09-14 / 2021-10-20

Данные проекта

The effort was in support of the coastal monitoring and research objectives of NOAA’S Ocean Acidification Program. The cruise was designed to obtain a snapshot of key carbon, physical, and biogeochemical parameters as they relate to ocean acidification (OA) in the coastal realm. This was the fourth occupation of the Gulf of Mexico as part of the Ocean Acidification Program’s monitoring efforts, with the first three occurring in 2007, 2012 and 2017.

Название Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle
Идентификатор GOMECC
Финансирование NOAA/OAR Ocean Acidification Program Grant 21392, "Assessing ecosystem responses of Gulf of Mexico communities to OA using environmental DNA (or: Understanding biodiversity in the Gulf of Mexico using eDNA) http://dx.doi.org/10.13039/100018228
Описание района исследования This report describes the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC4) cruise on board the R/V Ronald H. Brown departing from Key West, FL into the Gulf of Mexico and then around the coastal waters of the Gulf of Mexico in a counter-clockwise direction. The cruise took place from September 13–October 21, 2021
Описание плана выполнения исследований The cruise included a series of 15 transects approximately orthogonal to the coast of the Gulf of Mexico and a 16th partial transect along the 27°N line, between Florida and the Bahamas, as well as a comprehensive set of underway measurements along the entire cruise track. In addition to these transects, three more stations were sampled as part of a collaboration with the National Parks Service to monitor ocean acidification at national parks. Four parks participated in this effort: Padre Island (in Texas), Dry Tortugas, Everglades, and Biscayne (these three in Florida).

Исполнители проекта:

Luke Thompson
  • Principal Investigator

Методы сбора

For more information see the cruise report: https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Охват исследования For more information see the cruise report: https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Описание этапа методики:

  1. Detailed methods will be published in forthcoming paper. This field will be updated after publication.

Библиографические ссылки

  1. Barbero, Leticia et al. "Cruise report: Fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) Cruise", 2021 https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Дополнительные метаданные

Цель

Implement eDNA sampling to better understand the impact of ocean acidification on marine life (bacteria to fish), develop models to predict indicator species and their responses to future climate scenarios, and inform ecosystem management strategies.
Альтернативные идентификаторы 9012def0-bd87-48a0-ac9e-e0e78dd37689
https://doi.org/10.15468/sm6fpz
https://obis.org/dataset/210efc7c-4762-47ee-b4b5-22a0f436ef44
https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-aoml-gomecc4