eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4)

Occurrence Observation
Dernière version Publié par United States Geological Survey le mars 12, 2024 United States Geological Survey
Date de publication:
12 mars 2024
Licence:
CC0 1.0

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Description

Seawater was collected on board the NOAA ship Ronald H. Brown as part of the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) cruise from September 13 to October 21, 2021. Sampling for GOMECC-4 occurred along 16 coastal-offshore transects across the entire Gulf of Mexico and an additional line at 27N latitude in the Atlantic Ocean. We also collected eDNA samples near Padre Island National Seashore (U.S. National Parks Service), a barrier island located off the coast of south Texas. Vertical CTD sampling was employed at each site to measure discrete chemical, physical, and biological properties. Water sampling for DNA filtration was conducted at 54 out of 141 total sites and three depths per site (surface, deep chlorophyll maximum, and near bottom) to capture horizontal and vertical gradients of bacterial, protistan, and metazoan diversity across the Gulf.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 311 390 enregistrements.

1 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
311390
dnaDerivedData 
311390

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Silliman K, Anderson S, Thompson L (2024). eDNA from Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cruise 2021 (GOMECC-4). Version 1.7. United States Geological Survey. Occurrence dataset. https://ipt-obis.gbif.us/resource?r=noaa-aoml-gomecc4&v=1.7

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est United States Geological Survey. En vertu de la loi, léditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 9012def0-bd87-48a0-ac9e-e0e78dd37689.  United States Geological Survey publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF-US.

Mots-clé

Occurrence; Observation; ATLANTIC OCEAN (UUID: cf249a36-2e82-4d32-84cd-23a4f40bb393); GULF OF MEXICO (UUID: 75fab119-51a6-4b59-9711-f6c3cd3139db); Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory; OAR; NOAA; U.S. Department of Commerce (UUID: 274cc3ed-e075-4fb3-89cd-51fa72bc64f9)

Données externes

Les données de la ressource sont disponibles dans dautres formats

Github Code Repo https://github.com/aomlomics/gomecc Unknown R and Python code
NCBI BioProject https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA887898/ Unknown FASTQ

Contacts

Katherine Silliman
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Auteur ●
  • Créateur
  • Research Scientist
NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)
  • 4301 Rickenbacker Cswy
33149 Miami
Florida
US
Sean Anderson
  • Auteur ●
  • Créateur
  • Postdoctoral Research Associate
University of New Hampshire
Luke Thompson
  • Auteur ●
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • Associate Research Professor
NOAA Atlantic Oceanographic and Meteorological Laboratory (AOML)
  • 4301 Rickenbacker Cswy
33149 Miami
Florida
US
Steve Formel
  • Processeur
  • Biologist
U.S. Geological Survey

Couverture géographique

Gulf of Mexico and south Atlantic Ocean

Enveloppe géographique Sud Ouest [18,836, -97,639], Nord Est [30,111, -79,618]

Couverture taxonomique

18S and 16S sequences assigned to Bacteria, Archaea, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, and Fungi.

Kingdom Bacteria, Archaeae, Chromista, Animalia, Plantae, Protozoa, Fungi

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2021-09-14 / 2021-10-20

Données sur le projet

The effort was in support of the coastal monitoring and research objectives of NOAA’S Ocean Acidification Program. The cruise was designed to obtain a snapshot of key carbon, physical, and biogeochemical parameters as they relate to ocean acidification (OA) in the coastal realm. This was the fourth occupation of the Gulf of Mexico as part of the Ocean Acidification Program’s monitoring efforts, with the first three occurring in 2007, 2012 and 2017.

Titre Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle
Identifiant GOMECC
Financement NOAA/OAR Ocean Acidification Program Grant 21392, "Assessing ecosystem responses of Gulf of Mexico communities to OA using environmental DNA (or: Understanding biodiversity in the Gulf of Mexico using eDNA) http://dx.doi.org/10.13039/100018228
Description du domaine détude / de recherche This report describes the fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC4) cruise on board the R/V Ronald H. Brown departing from Key West, FL into the Gulf of Mexico and then around the coastal waters of the Gulf of Mexico in a counter-clockwise direction. The cruise took place from September 13–October 21, 2021
Description du design The cruise included a series of 15 transects approximately orthogonal to the coast of the Gulf of Mexico and a 16th partial transect along the 27°N line, between Florida and the Bahamas, as well as a comprehensive set of underway measurements along the entire cruise track. In addition to these transects, three more stations were sampled as part of a collaboration with the National Parks Service to monitor ocean acidification at national parks. Four parks participated in this effort: Padre Island (in Texas), Dry Tortugas, Everglades, and Biscayne (these three in Florida).

Les personnes impliquées dans le projet:

Luke Thompson
  • Chercheur Principal

Méthodes déchantillonnage

For more information see the cruise report: https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Etendue de létude For more information see the cruise report: https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Description des étapes de la méthode:

  1. Detailed methods will be published in forthcoming paper. This field will be updated after publication.

Citations bibliographiques

  1. Barbero, Leticia et al. "Cruise report: Fourth Gulf of Mexico Ecosystems and Carbon Cycle (GOMECC-4) Cruise", 2021 https://doi.org/10.25923/rwx5-s713

Métadonnées additionnelles